正大清江药物研究所负责公司的新产品研发工作，下设淮安研发中心和南京研发中心，总面积约3000m2，拥有博士后科研工作站、江苏省骨科药物工程技术中心、 江苏省企业技术中心等研发平台。研究所拥有高效液相色谱仪、气相色谱仪、离子色谱仪、光纤溶出仪、流化床、气流粉碎机等各类先进的研发仪器设备，能够满足常规药物研发需求。 公司研发投入达到了销售收入的5%以上，力争形成立项一批、在研一批、收获一批的良性循环格局。

研究所在研项目20余项，涉及骨关节、抗感染、心脑血管等等疾病领域，重点聚焦骨关节等慢病领域治疗药物的研发，加大儿科用药的研发力度，逐渐打造以慢病和儿科疾病治疗药物为主导的双核产品布局。

公司拥有一支高素质的研发团队，其中硕士以上、高级职称者近30%，专业涉及化学、药学等相关专业领域，聘请国内专业科研院所的专家学者组成的技术顾问团队，是正大清江创新和研发的骨干力量。